В регионе Хисуи, где дикая природа полна опасностей, а люди только начинают строить поселения, разворачивается необычная история. Главный герой оказывается в прошлом, в эпоху, когда отношения между людьми и покемонами только формируются. Он присоединяется к исследовательскому отряду, целью которого является создание первой покедекса региона. Работа не похожа на современное обучение тренеров. Здесь нет уютных лабораторий. Каждое задание это экспедиция в неизведанные земли, где дикие покемоны воспринимают человека как угрозу. Нужно наблюдать за существами, записывать их повадки, а иногда и уворачиваться от их атак. Без помощи верного партнера, стартерного покемона, выжить в этой суровой среде практически невозможно.

Конфликт возникает не только с природой. В деревне Джубилайф царит неоднозначное отношение к пришельцу из будущего. Многие жители, включая влиятельных командиров отрядов, смотрят на него с подозрением. Они не понимают его знаний и методов. Параллельно герой сталкивается с таинственными явлениями: покемоны в регионе иногда впадают в состояние особой ярости, их глаза светятся красным, а сила становится неуправляемой. Расследование этих вспышек приводит к более масштабной угрозе, связанной с древними легендами Хисуи и пространственно временными искажениями. Чтобы найти решение, нужно не просто сражаться, а по настоящему понять этот мир, примирить враждующие фракции в деревне и доказать, что его подход к покемонам, основанный на уважении и сотрудничестве, может изменить ход истории.