Кайто Даймон и его друзья возвращаются в школу, но спокойная жизнь заканчивается быстро. В стенах академии появляется загадочная организация, которая бросает вызов всем гениям головоломок. Участники получают зашифрованные послания, ведущие к древним артефактам. Кайто приходится решать задачи, где цена ошибки — потеря памяти или контроль над разумом. Вместе с Нонокой и Куроуто он погружается в лабиринт логических ловушек, которые становятся всё изощрённее. Противники используют не только математику, но и психологию, заставляя героев сомневаться в собственных решениях. Каждая новая загадка требует нестандартного подхода, а время на размышления сокращается до секунд.

Параллельно раскрывается тайна исчезнувшей цивилизации, оставившей после себя смертельные механизмы. Кайто сталкивается с испытаниями, где нельзя полагаться только на интеллект. Нужно доверять команде, но предательство подстерегает на каждом шагу. В одной из ловушек парень теряет способность говорить, и ему приходится объяснять решения жестами. Друзья вынуждены действовать синхронно, иначе механизм уничтожит их. Куроуто берёт на себя роль стратега, пока Нонока расшифровывает древние символы. Финал каждого эпизода оставляет новый вопрос, а главный антагонист оказывается тем, кого никто не подозревал. Игра идёт не на жизнь, а на разгадку, и ставки растут с каждой минутой.