Мьюту, генетически созданный покемон, сбегает из лаборатории и уничтожает её вместе с учёными. Он не понимает, зачем его создали, и злится на людей, которые считают покемонов просто инструментами для битв. Мьюту собирает сильных тренеров на таинственном острове, обещая им испытание. На самом деле он клонирует их покемонов, создавая армию, которая должна доказать превосходство искусственной жизни над оригиналом. Эш, Мисти и Брок прилетают на остров вместе с остальными. Когда ловушка срабатывает, Мьюту предлагает тренерам сделку: они могут забрать своих покемонов, но должны навсегда отказаться от битв. Большинство соглашается, но Эш отказывается предавать дружбу с Пикачу.

Мьюту бросает вызов Эшу и вступает в бой. Пикачу не может противостоять такой силе, но Эш заслоняет его от атаки и превращается в камень. Слёзы Пикачу и других покемонов пробуждают в них невероятную энергию, которая возвращает Эша к жизни. Мьюту видит это и начинает сомневаться в своей правоте. В этот момент появляется ещё один Мьюту, созданный командой R, и начинается хаотичная битва клонов против оригиналов. Оба Мьюту понимают, что их боль и гнев одинаковы. Они прекращают сражение и улетают вместе, забрав всех клонов. Эш и его друзья покидают остров, а Мьюту наконец находит ответ на свой вопрос: его ценность не в происхождении, а в выборе, который он делает сам.